Đến niên hiệu Hưng Long thứ mười ba (1305). Điều Ngự đem Sư lên liêu Kỳ Lân cho thọ giới Tỳ-kheo và giớiø Bồ-tát. Thấy chỗ tham học của Sư đã hành đạt, Điều Ngự cho hiệu là Pháp Loa.
Năm Hưng Long thứ mười lăm (1307), Sư được 24 tuổi, Điều Ngự trụ ở am Thiên Bảo Quan có bảy tám người thị giả mà Sư là đứng đầu. Điều Ngự vì Sư giảng Đại Huệ Ngữ Lục. Đến tháng năm, Điều Ngự lên ở am trên đảnh Ngọa Vân Phong. Ngày rằm làm lễ Bố-tát (sám hối tụng giới) xong, Điều Ngự đuổi mọi người xuống, lấy y bát và viết tâm kệ trao cho Sư dạy khéo gìn giữ.
Năm Hưng Long thứ mười sáu (1308) vào ngày mùng một tháng giêng, Sư vâng lệnh Điều Ngự làm lễ nối pháp Trụ trì tại nhà Cam Lồ chùa Siêu Loại. Khai lễ có vua Anh Tông và đình thần đến dự. Điều Ngự lên đàn thuyết pháp rồi nhường chỗ cho Sư giảng đạo. Lễ xong, Điều Ngự đặt Sư kế thế trụ trì chùa Siêu Loại và làm chủ sơn môn Yên Tử, là đời thứ hai của phái Trúc Lâm. Điều Ngự còn trao cho Sư hơn hai trăm bộ kinh sử và bảo Anh Tông sung cúng vào chùa cả trăm khoảnh ruộng.
Tháng mười một năm ấy (1308), Điều Ngự tịch, Sư phụng mạng cung nghinh xá-lợi về kinh đô. Trở về núi, Sư soạn lại những bài tụng của Điều Ngự lúc ở Thạch Thất làm thành quyển Thạch Thất Mị Ngữ.
Năm Hưng Long thứ mười chín (1311), Sư phụng chiếu tiếp tục khắc bản Đại Tạng Kinh. Sư giao Bảo Sát làm chủ việc này. Tháng tư, Sư giảng Truyền Đăng Lục tại chùa Siêu Loại. Sau đó, Huyền Quang trình kiến giải, Sư đều chấp nhận.
Năm Hưng Long thứ hai mươi mốt (1313) vào tháng 9, Sư phụng chiếu đến chùa Vĩnh Nghiêm ở Lượng Giang định chức cho tăng đồ. Chúng tăng từ đây mới có sổ bộ, chính Sư là người cầm sổ bộ ấy. Lúc đó, Sư độ hơn một ngàn vị tăng. Về sau cứ ba năm một lần độ tăng như thế.
Năm Đại Khánh thứ tư (1317) đời Trần Minh Tông, vào tháng 2, Sư bệnh nặng. Sư đem y của Điều Ngự và viết bài tâm kệ trao cho Huyền Quang, pháp khí và gậy trao cho Cảnh Ngung, phất tử trao cho Cảnh Huy, gậy tre trao cho Huệ Quán, pháp thơ và pháp cụ trao cho Huệ Nhiên, linh vàng trao cho Hải Ấn, sử vàng trao cho Huệ Chúc. Sau ít hôm, bệnh Sư được lành.
Những hàng Thái hậu, Công chúa, Vương công, quí khanh đều thỉnh Sư truyền giới xuất gia hoặc giới Bồ-tát, cho đến vua Trần Anh Tông cũng xem như đệ tử. Họ đua nhau cúng đất, vàng, tiền để Sư lập chùa, đúc tượng Phật, in kinh quá nhiều, đến nỗi Sư phải tự xin giảm dần những số quyên cúng, thuyền của vua cấp cho Sư tiện việc đi lại và về kinh đô, Sư cũng từ chối không nhận.
Năm đầu Khai Hựu (1329), đời Trần Hiến Tông, Sư mở thêm cảnh Côn Sơn và Thanh Mai Sơn, làm thành danh lam thắng cảnh. Sư có làm bài thơ đề là Luyến Thanh Sơn:
Thưa gầy làn nước vút,
Chót vót ánh soi trong.
Ngẩng đầu coi chẳng hết,
Đường tới lại trùng trùng.
(Trần Tuấn Khải)
(Sơ sấu cùng thu thủy
Sàm nham lạc chiếu trung
Ngang đầu khán bất tận
Lai lộ hựu trùng trùng.)
Một hôm mở hội thuyết pháp, Sư lên tòa nói:
- Đại chúng ! Nếu nhắm thẳng vào đệ nhất nghĩa đế mà nói, thì động niệm liền sai, mở miệng là lầm, làm sao mà xét ? Làm sao mà quán ? Hôm nay căn cứ vào đầu thứ hai mà nói, cũng không được thế ấy.
Sư bèn nhìn hai bên nói:
- Trong đây có người nào đầy đủ con mắt lớn chăng? Nếu có, hai cặp chân mày chẳng cần vén lên. Bằng không, bần đạo chẳng khỏi miệng nói ba hoa, đề ra những điều hủ mục, đáp những lời tạp nhạp. Chỉ vì các ông nhồi lại thành một khối hỗn độn. Lắng nghe ! Lắng nghe !
Đại đạo rộng suốt nào có ràng buộc, bản tánh lặng lẽ không thiện không ác. Bởi do chọn lựa chợt sanh nhiều lỗi, vừa khởi mảy may đã cách xa trời đất. Phàm thánh vốn đồng một mối, phải quấy đâu có hai đường. Cho nên biết, tội phước vốn không, cứu cánh nhân quả chẳng thật. Người người sẵn đủ, kẻ kẻ trọn thành. Phật tánh Pháp thân như hình như bóng, tùy ẩn tùy hiện, chẳng tức chẳng ly. Lỗ mũi duỗi thẳng xuống, chân mày nằm ngang mặt, ở trên mắt mà không dễ gì nhìn thấy. Cần phải tìm xét, đâu chẳng nghe nói “Ba ngàn pháp môn đồng về tấc vuông, hà sa diệu dụng đều ở nguồn tâm” nên nói: Cửa giới cửa định cửa tuệ, ông không thiếu sót, cần phải phản quán nơi mình. Phàm những tiếng ho tiếng tằng hắng, nhướng mày chớp mắt, tay cầm, chân đi, ấy là tánh gì ? Biết được tánh này, ấy là tâm gì ? Tâm tánh rỗng sáng, cái nào phải, cái nào chẳng phải ? Pháp tức là tánh, Phật tức là tâm. Tánh nào chẳng phải là pháp ? Tâm nào chẳng phải là Phật ? Tức tâm tức Phật, tức tâm tức pháp. Pháp vốn chẳng phải pháp, pháp tức là tâm. Tâm vốn chẳng phải tâm, tâm tức là Phật.
Các nhân giả ! Ngày tháng dễ dàng qua, mạng người không chờ đợi, sao cam ăn cháo ăn cơm mà chẳng rõ việc bát việc muỗng ? Tham !