Quá trình phát triển của lịch sử Mật tông, có thể chia thành hai giai đoạn chính, đó là Sơ kỳ “Tạp mật” và Hậu kỳ “Thuần mật”.
Sơ kỳ Tạp mật:
Phật giáo Đại thừa rốt cục trở thành Mật tông là một sự kiện khá bất ngờ, nhưng cũng có thể nói là do bối cảnh lịch sử lâu dài của nó. Sự bất ngờ là bởi thời đức Thích Tôn còn tại thế, Phật giáo cực lực phản đối thần quyền, bài xích những quan niệm thần bí, phủ định các chú thuật v.v..có thể thấy được đức Phật không bao giờ đề xướng những phương thuật mật chú đã bị bám rễ sâu ở trong quan niệm tín ngưỡng nhân gian người Ấn.
Trong Kinh Phạm Động số 21 thuộc Trường A Hàm quyển 14 Phật dạy: “như các Sa môn Bà-la-môn tuy ăn của tín thí, nhưng hành pháp chướng ngại đạo, nuôi sống bằng cách tà vạy, như kêu gọi quỷ thần, hoặc lại đuổi đi, các thứ ếm đảo, vô số phương đạo, làm người khiếp sợ; có thể tụ, có thể tán; có thể làm cho khổ, có thể làm cho vui; có thể an thai, trục thai; hoặc phù chú người ta hóa làm lừa, ngựa; có thể khiến người điếc, đui, câm, ngọng; hiện các kỹ thuật; hoặc chắp tay hướng về mặt trời, mặt trăng; hành các khổ hạnh để cầu lợi dưỡng…..”
“…..hoặc vì người mà chú đảo bệnh tật, đọc ác thuật, tụng thiện chú; làm thuốc thang, châm chích, trị liệu bệnh tật…... ”
“…..hoặc chú nước lửa, hoặc chú quỷ thần, hoặc chú Sát-lỵ, hoặc chú voi, hoặc chú chân tay, hoặc bùa chú an nhà cửa; hoặc giải chú lửa cháy, chuột gặm; hoặc đọc sách đoán việc sống chết; hoặc đọc sách giải mộng; hoặc xem tướng tay, tướng mặt; hoặc đọc sách thiên văn; hoặc đọc sách hết thảy âm….. Sa-môn Cù-đàm không có các việc đó.”[1]
King Đa Giới thuộc Trung A Hàm quyển 47: “…..hoặc có Sa môn Phạm chí, hoặc trì một câu chú, hai câu chú, ba câu chú, bốn câu chú, nhiều câu chú, trăm ngìn câu chú để mong cho tôi thoát khỏi khổ đau, như thế là đi tìm sự khổ, huân tập sự khổ, dẫn đến sự khổ mà cho là hết khổ, trường hợp này không thể xảy ra. ”[2]
Tuy nhiên, trong Luật tạng như Tứ Phần Luật quyển 27 và Thập Tụng Luật quyển 46 và một số luật khác của Bộ Phái Phật giáo có nêu việc đức Phật ngài chỉ chọn dùng một số bài chú thích hợp khi gặp trường hợp ăn không tiêu, bị rắn độc cắn, đau răng hoặc đau bụng v.v…Kinh Đại Hội thứ 19 thuộc Trường A Hàm đức Phật vì hàng phục chư thiên mà dùng một số bài chú; Kinh Ưu-Ba-Tiên-Na số 252 thuộc Tạp A Hàm, Đức Phật khi nghe trình bày Tôn giả Ưu-Ba-Tiên-Na bị rắn độc cắn, ngài liền dạy cho Tôn giả Xá Lợi Phất bài chú phòng hộ thân, không để rắn độc cắn.[3]Từ đó có thể thấy được rằng, Mật chú và cách sử dụng Mật chú đã xuất hiện rất sớm trong kinh điển thuộc hệ Phật giáo nguyên thủy. Tuy nhiên, nguồn gốc xuất phát của Mật chú có lẽ là từ Bà-la-môn giáo, đến thời đức Thích Tôn thì ngài đã cật lực ngăn cấm không để xuất hiện nhiều trong giáo lý Phật giáo, sau đó ngày càng có nhiều ngoại đạo xuất gia đầu Phật, họ quen sử dụng những câu chú khi bệnh tật mà thôi. Đến thời Phật giáo Bộ Phái như Pháp Tạng bộ tôn sùng ngài Mục Kiền Liên (Mahāmoggallāna), hay nói về chuyện quỷ thần, từ đó chú pháp dần dần thịnh hành.
Thông thường mà nói, tư tưởng Phật giáo Mật tông được manh nha là từ trong kinh A Hàm, cho rằng việc xướng tụng những kinh văn đơn giản bằng văn Pali trong Lật Tạng và trong Kinh A Hàm, nương vào công đức đó thì phước sẽ đến họa sẽ đi, như thế cũng đã rõ về tín ngưỡng mật chú, với hình thức Mật giáo này được gọi là thời kỳ Tạp Mật. Ngoài ra còn lấy thể cách văn tự và ngữ cú để làm đặc trưng riêng, và có hàm nghĩa vô cùng sâu sắc với việc nhiếp tâm điều tức, mục tiêu đạt đến Đà-la-ni thống nhất tinh thần tức là Nhất Tâm, đây là giai đoạn tối sơ của Tạp Mật.
Căn cứ vào cách giải thích của Mật tông, Mật giáo là do đức Đại Nhật Như Lai (tiếng Phạn Mahāvairocana dịch thành Tỳ-Lô-Gía-Na) truyền trao cho ngài Vajrasattva (Kim Cang Tát Đõa còn gọi là Kim Cang Thủ: Vajrapani, Chấp Kim Cang Vajradhara ). Tôn giả Vajrasattva là người thân của đức Tỳ-Lô-Gía-Na, là một vị thượng thủ trong hàng Chấp Kim Cang, thuộc cung Pháp giới Kim Cang, ngài được đích thân đức Tỳ-Lô-Gía-Na giáo sắc mà kết tập và truyền trì Mật giáo, phó chúc ngài làm đệ nhị tổ của Mật giáo. Tám trăm năm sau kể từ khi đức Thích Tôn vào niết bàn, ngài Long Thọ Bồ-tát (Nāgārjuna) xuất thế, ngài mở bảo tháp Nam Thiên Thiết để nhận sự truyền thừa từ ngài Vajrasattva để làm tổ thứ ba của Mật giáo.[4]Theo giáo nghĩa truyền thống của Nhật Bản thì Mật giáo là do đức Thích Tôn phó chúc lại và được ngài Vajrasattva cất dấu trong bảo tháp stūpa ở Nam Ấn độ, đến lúc người đời sau có thể hiểu được pháp ấy thì mới đưa ra. Khi Nāgārjuna xuất hiện, ngài mở bảo tháp ấy và được tiếp nhận sự quán đảnh của ngài Vajrasattva, sau đó mới truyền bá giáo nghĩa này.[5]Những chứng cứ mang tính truyền thuyết này rất có khả năng do những học giả của Mật giáo về sau phụ họa mà có, điều đáng để chúng ta xác nhận là sự manh nha của Mật giáo bắt đầu từ thời kỳ Phật giáo nguyên thủy, nhưng lúc ấy chưa được triển khai mà thôi. Đến thời kỳ Phật giáo Bộ phái, Mật giáo đã tích lũy được một số tư lương khá lớn, và đến thời kỳ Phật giáo Đại thừa phát triển thì Mật tông đã có một hệ thống lý luận khá chặt chẻ. Chính như trong bộ Ấn Độ Phật Giáo Sử, Tāranātha (Đa-la-na-tha)viết: thời ngài Sangharakshita (Tăng Hộ) hai loại Sự bộ và Hành bộ hiển nhiên đã lưu hành được hai trăm năm rồi, nhưng hai loại Du-già và Vô thượng Du-già vẫn chưa xuất hiện, đến vương triều Pāla về sau mới bắt đầu hoằng truyền. Đến nay hệ thống truyền thừa của Mật giáo vẫn rất mơ hồ và cũng khá phức tạp, bởi do đã không xuất hiện những tác giả Mật giáo có quyền uy trên phương diện nghiên cứu học thuật, mà cũng chẳng hình thành nên một chế độ truyền thừa cho rõ ràng. Do đó, giữa kỷ nguyên thứ 7 (AD) Mật giáo rãi rác xuất hiện nhưng đều có thể quy vào phạm trù của Thời kỳ Tạp Mật.